Sådan tegner du et dipeptid på en bestemt ph

Denne vejledning vil give en introduktion til definitioner, basale aminosyrer og et eksempel på, hvordan man tegner et dipeptid. Et dipeptid består af to aminosyrerester, mens polypeptider består af mere end to. Disse strukturer er vigtige, fordi de hjælper med at udgøre proteiner i kroppen og har også roller i reaktionsmekanismer. Ved at tegne rygraden og funktionelle grupper vil der blive givet detaljerede trin for at lære at ændre de grupper baseret på en bestemt pH, en skala til måling af surhedsgrad eller basished af en opløsning. Ved at vide, hvordan strukturen vil se ud på visse forhold, vil dette give eleverne en bedre forståelse af, hvordan de bruges i reaktioner. Denne vil også hjælpe med at tegne peptider bestående af mere end to aminosyrer.

Trin

Del 1 af 3:
Læringsdefinitioner og de grundlæggende strukturer.
  1. Billede Titlet Screen Shot 2021 02 20 kl. 6.58.54 pm.jpg
1. Kender de grundlæggende definitioner. Et dipeptid er en organisk forbindelse bestående af to aminosyrer. Den har to komponenter, en rygrad og vedhæftede funktionelle grupper.
  • 2. Lær de 20 basale aminosyrer. De 20 aminosyrer kan findes gennem en internetsøgning. Lær deres strukturer, deres tre bogstaver forkortelser og deres funktionelle grupper, som senere vil blive brugt til at erstatte "R" I den grundlæggende struktur.
    • Del 2 af 3:
    Tegning af det grundlæggende dipeptid
    1. Tegn en enkelt aminosyre. Hver amino starter med en amin ende (NH3 +) og en carbonylende (COO-). Start med aminenden, skriv "Nh3+" Og derfra tegne en linje op til højre, hvilket skaber et punkt kaldet C1 til at repræsentere Carbon 1. Derefter fra C1, tegne en linje ned og til højre for at oprette et andet punkt kaldet C2. Endelig fra C2 tegne en linje op til højre og i slutningen af ​​linjeskriften "O-". På C1 tegne en linje lige op og skrive "R" at repræsentere en funktionel gruppe, der senere vil blive udskiftet. Ved C2, tegne to linjer lige ned og skrive "O". Dette fuldender en tegning af en enkelt aminosyre.
    Billedbetegnelse Skærmbillede 2021 02 20 ved 7.32.44 p.jpg
  • Billede Titlet Screen Shot 2021 02 20 kl 7.38.22 pm.jpg
    Billede Titlet Screen Shot 2021 02 20 kl 7.38.22 pm.jpg
    2. Tilslut to aminosyrer. For at skabe et dipeptid skal de enkelte aminosyrer være forbundet. Start tegningen igen som angivet i det foregående trin, men ved C2, tegne linjen op til højre og skrive "Nh" i slutningen i stedet for "O". Derfra tegne en linje ned og til højre for at skabe et punkt kaldet C3. På C3 vil en linje blive udarbejdet til højre for at skabe et punkt kaldet C4. Endelig vil en linje blive trukket ned til højre og i slutningen af ​​linjeskriften "O-". På C3, træk en linje lige ned og skriv "R" , som senere vil blive erstattet af en funktionel gruppe. På C4 trækker to linjer lige op og skriv "O" i slutningen. Dette fuldender en tegning af et grundlæggende dipeptid.
    • Del 3 af 3:
    Tilføjelse af de funktionelle grupper
    1. Billedbetegnelse Skærmbillede 2021 02 20 kl 8.11.40 pm.jpg
    1. Kig på tre bogstaver forkortelse og vælg den korrekte aminosyre. For eksempel vil dipeptidet Tyr-Lys blive anvendt som et eksempel. De korrekte aminosyrer trækkes nedenfor.
  • Billedbetegnelse Skærmbillede 2021 02 20 kl 8.37.44 pm.jpg
    Billedbetegnelse Skærmbillede 2021 02 20 kl 8.37.44 pm.jpg
    2. Erstatte "R" med aminosyre funktionelle grupper. På C1 vil den funktionelle gruppe af Tyr blive trukket for at erstatte "R". På C3 vil den funktionelle gruppe af Lys blive trukket for at erstatte "R".
  • 3. VED, hvordan pH ændrer ender og funktionelle grupper. Baseret på pH er et dipeptid på, og den relative PK-en Værdier bestemmer dette, om aminens ende, carbonylende og specifikke funktionelle grupper er protoneret (H tilsat) eller afprotoneret (H taget væk).

    • Hvis ph< pk-en, så er det protoneret. Hvis ph>pk-en, så er det deprotoneret. Et bord af aminosyren pk-en Værdier vises, men fokuset vil være på PK-en af sidekæderne angivet i rødt.

    Billedbetegnelse Skærmbillede 2021 02 26 kl. 9.47.42 pm.jpg
    Billedbetegnelse Skærmbillede 2021 02 26 kl. 9.47.42 pm.jpg
    1. Billedbetegnelse Skærmbillede 2021 02 20 kl 8.43.50 pm.jpg
      Billedbetegnelse Skærmbillede 2021 02 20 kl 8.43.50 pm.jpg
      1. Ændre ender baseret på specifik pH. PH i dette eksempel vil være pH 7. For aminenden, pk-en vil altid være 9. Siden ph-en, Aminenden er protoneret, og den forbliver NH3 + (hvis deprotoneret, det vil være NH2). Til carbonylenden, PK-en vil altid være 3. Siden ph>pk-en, carbonylenden er deprotoneret, og den forbliver O- (hvis protoneret det vil være OH).
    2. 2. Ændre funktionelle grupper baseret på specifik pH. Kun sure og grundlæggende sidekæder vil blive ændret såvel som de polære aminosyrer cystein og tyrosin. Se tabellen i del 3, trin 3.

    Pka af tyr = 10.07, pH-en så det vil blive protoneret og forblive OH (hvis deprotonerede det vil være O-).PKA af Lys = 10.79, pH-en, Det er protoneret, så det bliver NH3 + (hvis deprotonerede det vil være NH2).

    Endelig har du gennemført en tegning af et dipeptid på en bestemt pH.

    Billedbetegnelse Skærmbillede 2021 02 26 kl. 9.15.10 pm.jpg
    Billedbetegnelse Skærmbillede 2021 02 26 kl. 9.15.10 pm.jpg

    Tips

    Del på sociale netværk :
    Lignende