Sådan finder du omvendt komplement af en dna-sekvens

Den omvendte komplement af en DNA-sekvens betegner indholdet af den modsatte streng i et DNA-molekyle. DNA-molekyler er konstrueret som sådan, fordi hvert nukleotid har et komplementært nukleotid på den anden streng, hvortil der eksisterer en ikke-kovalent binding.

Trin

Metode 1 af 2:
Med hånden
  1. Billede med titlen 7115146 1
1. Spor gennem sekvensen baglæns, startende fra det sidste nukleotid i sekvensen.
  • Billede med titlen 7115146 2
    2. Når du passerer over hvert nukleotid, tilsæt det komplementære nukleotid til næste linje, der begynder den komplementerede streng fra venstre side af siden. Husk, guanin (g) bindinger til cytosin (C) og Adenin (A) bindinger til thymin (T).
    • Metode 2 af 2:
    Programmatisk (Python 2)
    1. Billede med titlen 7115146 3
    1. Opret eller accepter en inputfil. Denne artikel forudsætter, at input er i FASTA format, med en enkelt sekvens pr. Fil. De følgende trin antager også, at alle nukleotider er ATGC-baser.
  • Billede med titlen 7115146 4
    2. Læs i filen. Til FASTA-format:
  • Kassér den første linje i filen.
  • Fjern alle de resterende newlines og andet efterfølgende hvide rum.
    • Def init (sekvens): med åben (argv [1]) som input: sekvens = "".Deltag ([linje.Strip () til linje i input.Readlines () [1:]]) Retursekvens
  • Billede med titlen 7115146 5
    3. Opret et HASH-bord, der kortlægger hvert nukleotid til dets komplement.
    Complement = {`A`: `t`, `c`: `g`, `g`: `c`, `t`: `a`}
  • Billede med titlen 7115146 6
    4. Iterere gennem sekvensen og brug en hash bord lookup for at konstruere den komplementære sekvens. Omvendt den resulterende vektor.
    Def Reverse_Complement (SEQ): BASES = [Komplement [base] til base i SEQ] BASES = Reversed (BASES) Return Bases
  • Billede med titlen 7115146 7
    5. Udskriv indholdet af vektoren.=
    Resultat = Reverse_Complement (SEQ) Print ``.Deltag (resultat)

    • Tips

    Hvis du beregner omvendt komplement med hånden, skal du sørge for at dobbeltkæppe! Det kan være nemt at savne et basepar eller bruge det forkerte komplement, især hvis du læser en lang rækkefølge på papir.
    Del på sociale netværk :
    Lignende